对于小型初创公司来说，在定制开发软件时可以考虑以下几个成本效益高的选择：

1. **精简核心功能**：明确业务需求，专注于开发最核心的功能，避免不必要的功能开发，以减少开发时间和成本。

2. **利用开源资源**：利用现有的开源软件和工具，可以降低软件开发成本，并加速开发进程。

3. **敏捷开发**：采用敏捷开发方法，分阶段迭代开发，可以更快地响应市场变化，减少不必要的开发工作。

4. **合理选择技术栈**：选择性价比高、易于维护的技术栈，以减少长期的维护成本。

5. **有效项目管理**：通过有效的项目管理和沟通，确保项目按计划进行，避免延期和额外成本。

6. **质量控制和测试**：在开发过程中进行严格的质量控制和测试，减少后期修复成本。

7. **外包合作**：选择性价比高的外包团队，利用他们的专业技能和经验，同时控制开发成本。

8. **长期维护规划**：在项目规划阶段就考虑软件的长期维护和升级，选择易于维护的架构和设计。

9. **避免功能过剩**：避免开发非核心的附加功能，专注于提供用户最需要的功能。

10. **时间管理**：合理安排项目时间表，确保项目按时完成，减少因延期而产生的额外成本。

通过这些策略，初创公司可以在有限的预算内开发出满足业务需求的软件，同时控制成本，提高成本效益。